Cuando estalló la guerra civil en 49 a. C. entre Pompeyo y César, Bruto se alineó junto con su antiguo enemigo y líder actual de los optimates, Pompeyo. Después del desastre de la batalla de Farsalia, Bruto escribió a César pidiendo clemencia, y éste le perdonó inmediatamente. César le aceptó entre sus seguidores más cercanos y le hizo gobernador de la Galia cuando fue a África persiguiendo a Catón y a Metelo Escipión. Al año siguiente (45 a. C.), César le nominó al cargo de pretor.

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Republicano por naturaleza, Bruto nunca trató de esconder sus convicciones políticas.
César estaba muy encariñado con él y respetaba mucho sus opiniones. Sin embargo, Bruto, como muchos otros senadores, no estaba satisfecho con el estado de la República. César había sido nombrado dictador perpetuo y había aprobado varias leyes que concentraban el poder en sus manos. Bruto comenzó una conspiración contra César junto con su cuñado y amigo Cayo Casio Longino y otros senadores. En los idus de marzo (15 de marzo del 44 a. C.), un grupo de senadores, incluyendo a Bruto, asesinaron a César en la Curia Pompeya. -Extracto de la Wikipedia-.
Recuerdo muy bien el dramatico ultimo capitulo de la primera temporada de Roma. Los momentos antes de la muerte de César los vivi con una tension acongojante, y me imapctaron sobremanera.
Yo esperaba que César pronunciara unas palabras al saber de la presencia de Bruto. Y en realidad, los historiadores de la Roma de esa epoca no se ponen de acuerdo en este aspecto. Algunos apoyan que si dijo unas palabras. Otros que no, que simplemente se tapo el rostro.